當(dāng)主合同與補(bǔ)充協(xié)議發(fā)生沖突時(shí)，通常應(yīng)遵循以下原則處理：

1. 合同解釋原則：應(yīng)嘗試通過合同解釋來確定雙方的真實(shí)意圖。這包括查閱合同的上下文、相關(guān)條款以及雙方在簽訂合同時(shí)的背景情況。

2. 補(bǔ)充協(xié)議優(yōu)先原則：補(bǔ)充協(xié)議往往被視為對主合同的修改或補(bǔ)充。因此，在解釋上，補(bǔ)充協(xié)議中的條款通常具有優(yōu)先權(quán)。

3. 法律規(guī)定：如合同解釋和優(yōu)先原則仍無法解決問題，應(yīng)參考相關(guān)法律法規(guī)的規(guī)定。

4. 協(xié)商解決：若雙方無法就沖突條款達(dá)成一致，建議通過友好協(xié)商或調(diào)解解決爭議。

5. 法律途徑：如協(xié)商無果，可尋求法律途徑，如仲裁或訴訟，由仲裁機(jī)構(gòu)或法院進(jìn)行裁決。

總之，處理主合同與補(bǔ)充協(xié)議沖突時(shí)，應(yīng)依據(jù)合同解釋原則、補(bǔ)充協(xié)議優(yōu)先原則、法律規(guī)定以及雙方協(xié)商來解決。

《中華人民共和國民法典》第五百一十條

合同生效后，當(dāng)事人就質(zhì)量、價(jià)款或者報(bào)酬、履行地點(diǎn)等內(nèi)容沒有約定或者約定不明確的，可以協(xié)議補(bǔ)充;不能達(dá)成補(bǔ)充協(xié)議的，按照合同相關(guān)條款或者交易習(xí)慣確定。

《中華人民共和國民法典》第五百零九條

當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)按照約定全面履行自己的義務(wù)。

當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)遵循誠信原則，根據(jù)合同的性質(zhì)、目的和交易習(xí)慣履行通知、協(xié)助、保密等義務(wù)。

當(dāng)事人在履行合同過程中，應(yīng)當(dāng)避免浪費(fèi)資源、污染環(huán)境和破壞生態(tài)。