環(huán)境行政訴訟的被告通常是作出具體環(huán)境行政行為的行政機(jī)關(guān)，包括作出處罰決定、行政許可等行為的環(huán)保部門等；若經(jīng)過(guò)行政復(fù)議，復(fù)議機(jī)關(guān)維持原行政行為的，原行政機(jī)關(guān)和復(fù)議機(jī)關(guān)是共同被告，復(fù)議機(jī)關(guān)改變?cè)姓袨榈?，?fù)議機(jī)關(guān)是被告；行政機(jī)關(guān)委托的組織所作的環(huán)境行政行為，委托的行政機(jī)關(guān)是被告。

1. 作出具體環(huán)境行政行為的行政機(jī)關(guān)：在環(huán)境管理領(lǐng)域，環(huán)保部門等行政機(jī)關(guān)擁有廣泛的職權(quán)，如對(duì)污染企業(yè)進(jìn)行行政處罰、頒發(fā)環(huán)境相關(guān)的許可證等。當(dāng)公民、法人或者其他組織認(rèn)為這些行政機(jī)關(guān)的具體行政行為侵犯其合法權(quán)益時(shí)，作出該行為的行政機(jī)關(guān)就會(huì)成為環(huán)境行政訴訟的被告。例如，某環(huán)保部門對(duì)一家企業(yè)作出了責(zé)令停產(chǎn)整頓的處罰決定，企業(yè)認(rèn)為該處罰缺乏事實(shí)依據(jù)或程序違法，從而向法院提起行政訴訟，此時(shí)該環(huán)保部門就是被告。

2. 經(jīng)過(guò)行政復(fù)議后的被告確定：

復(fù)議機(jī)關(guān)維持原行政行為：如果行政相對(duì)人對(duì)行政機(jī)關(guān)的環(huán)境行政行為不服，先申請(qǐng)了行政復(fù)議，而復(fù)議機(jī)關(guān)作出了維持原行政行為的決定。在這種情況下，原行政機(jī)關(guān)和復(fù)議機(jī)關(guān)就會(huì)成為共同被告。這是因?yàn)閺?fù)議機(jī)關(guān)的維持決定實(shí)際上是對(duì)原行政行為的肯定，兩者都與行政相對(duì)人的權(quán)利義務(wù)密切相關(guān)。例如，企業(yè)對(duì)環(huán)保部門的罰款決定不服申請(qǐng)復(fù)議，復(fù)議機(jī)關(guān)維持了該罰款決定，企業(yè)若提起訴訟，環(huán)保部門和復(fù)議機(jī)關(guān)就是共同被告。

復(fù)議機(jī)關(guān)改變?cè)姓袨?/strong>：當(dāng)復(fù)議機(jī)關(guān)改變了原行政行為的處理結(jié)果時(shí)，復(fù)議機(jī)關(guān)就成為了被告。因?yàn)榇藭r(shí)復(fù)議機(jī)關(guān)的決定實(shí)際上取代了原行政行為，對(duì)行政相對(duì)人的權(quán)利義務(wù)產(chǎn)生了新的影響。比如，原環(huán)保部門對(duì)企業(yè)作出了高額罰款，企業(yè)申請(qǐng)復(fù)議后，復(fù)議機(jī)關(guān)降低了罰款金額，企業(yè)仍不服提起訴訟，此時(shí)被告就是復(fù)議機(jī)關(guān)。