工程保證金過了時(shí)效仍有可能索回。超過訴訟時(shí)效并不意味著實(shí)體權(quán)利消滅，只是會(huì)面臨一些法律上的不利后果，但如果存在特定情形，依然可以實(shí)現(xiàn)索回保證金的目的。

1. 訴訟時(shí)效的基本概念：訴訟時(shí)效是指權(quán)利人在法定期間內(nèi)不行使權(quán)利，就喪失了請(qǐng)求人民法院保護(hù)民事權(quán)益的權(quán)利的法律制度。在工程保證金糾紛中，一般適用三年的訴訟時(shí)效。如果債權(quán)人在訴訟時(shí)效期間內(nèi)未向債務(wù)人主張權(quán)利，訴訟時(shí)效屆滿后，債務(wù)人可以提出不履行義務(wù)的抗辯。

2. 超過時(shí)效后仍可索回的情況：

-債務(wù)人自愿履行：即使工程保證金的索回請(qǐng)求已過訴訟時(shí)效，若債務(wù)人自愿返還保證金，法律是允許的。因?yàn)樵V訟時(shí)效屆滿只是使債權(quán)人喪失了勝訴權(quán)，而債務(wù)人的自愿履行行為是其對(duì)自身權(quán)利的處分，且一旦履行，債務(wù)人不能以不知道訴訟時(shí)效已過為由要求返還。

達(dá)成還款協(xié)議：如果債權(quán)人與債務(wù)人在訴訟時(shí)效屆滿后達(dá)成了還款協(xié)議，該協(xié)議是雙方真實(shí)意思的表示，具有法律效力。根據(jù)法律規(guī)定，新的還款協(xié)議形成了新的債權(quán)債務(wù)關(guān)系，債權(quán)人可以依據(jù)新協(xié)議要求債務(wù)人履行還款義務(wù)。

債務(wù)人重新確認(rèn)債務(wù)：當(dāng)債務(wù)人通過書面或其他方式明確承認(rèn)該債務(wù)的存在時(shí)，視為對(duì)原債務(wù)的重新確認(rèn)。這種情況下，訴訟時(shí)效將重新計(jì)算，債權(quán)人可以在新的訴訟時(shí)效期間內(nèi)主張權(quán)利。

3. 實(shí)際操作中的建議：當(dāng)發(fā)現(xiàn)工程保證金過了時(shí)效，債權(quán)人可以嘗試與債務(wù)人溝通，通過錄音、書面函件等方式固定債務(wù)人承認(rèn)債務(wù)的證據(jù)。如果債務(wù)人愿意協(xié)商，應(yīng)盡快達(dá)成書面的還款協(xié)議。同時(shí)，在日常的經(jīng)濟(jì)活動(dòng)中，債權(quán)人要注意及時(shí)行使權(quán)利，避免因訴訟時(shí)效問題給自己帶來不必要的損失。

《中華人民共和國民法典》第一百八十八條 向人民法院請(qǐng)求保護(hù)民事權(quán)利的訴訟時(shí)效期間為三年。法律另有規(guī)定的，依照其規(guī)定。訴訟時(shí)效期間自權(quán)利人知道或者應(yīng)當(dāng)知道權(quán)利受到損害以及義務(wù)人之日起計(jì)算。法律另有規(guī)定的，依照其規(guī)定。但是，自權(quán)利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護(hù)，有特殊情況的，人民法院可以根據(jù)權(quán)利人的申請(qǐng)決定延長(zhǎng)。

《中華人民共和國民法典》第一百九十二條 訴訟時(shí)效期間屆滿的，義務(wù)人可以提出不履行義務(wù)的抗辯。訴訟時(shí)效期間屆滿后，義務(wù)人同意履行的，不得以訴訟時(shí)效期間屆滿為由抗辯；義務(wù)人已經(jīng)自愿履行的，不得請(qǐng)求返還。

《最高人民法院關(guān)于審理民事案件適用訴訟時(shí)效制度若干問題的規(guī)定》第十九條 訴訟時(shí)效期間屆滿，當(dāng)事人一方向?qū)Ψ疆?dāng)事人作出同意履行義務(wù)的意思表示或者自愿履行義務(wù)后，又以訴訟時(shí)效期間屆滿為由進(jìn)行抗辯的，人民法院不予支持。