員工不同意調(diào)崗曠工，公司應(yīng)依據(jù)規(guī)章制度進行處理。

1. 審查公司的調(diào)崗決定是否合法合理。如果調(diào)崗不具備合理性和合法性，員工的曠工可能存在一定的抗辯理由。

2. 核實公司的規(guī)章制度。公司應(yīng)當有明確的關(guān)于曠工行為的規(guī)定以及相應(yīng)的處罰措施。這些規(guī)章制度應(yīng)經(jīng)過民主程序制定，并向員工公示或告知。

3. 及時與員工溝通。在發(fā)現(xiàn)員工曠工后，應(yīng)嘗試通過各種方式聯(lián)系員工，了解其曠工的原因和想法，同時向其說明曠工的后果以及公司的立場。

4. 發(fā)出警告通知。如果員工仍未改正曠工行為，公司應(yīng)以書面形式向其發(fā)出警告通知，并要求其立即改正。

5. 考慮解除勞動合同。若員工的曠工行為嚴重違反公司規(guī)章制度，且在經(jīng)過警告后仍未改正，公司可以按照法定程序解除勞動合同。

6. 保留相關(guān)證據(jù)。在整個處理過程中，公司要注意保留所有相關(guān)的證據(jù)，如調(diào)崗?fù)ㄖ?、員工曠工的記錄、與員工的溝通記錄、警告通知的送達憑證等，以應(yīng)對可能的勞動爭議。

總之，對于員工不同意調(diào)崗而曠工的情況，公司應(yīng)依法依規(guī)、謹慎妥善地進行處理，以維護公司的正常生產(chǎn)經(jīng)營秩序和合法權(quán)益，同時也要避免因處理不當而引發(fā)勞動糾紛。

《中華人民共和國勞動合同法》 第四十條

有下列情形之一的，用人單位提前三十日以書面形式通知勞動者本人或者額外支付勞動者一個月工資后，可以解除勞動合同：

（一）勞動者患病或者非因工負傷，在規(guī)定的醫(yī)療期滿后不能從事原工作，也不能從事由用人單位另行安排的工作的；

（二）勞動者不能勝任工作，經(jīng)過培訓(xùn)或者調(diào)整工作崗位，仍不能勝任工作的；

（三）勞動合同訂立時所依據(jù)的客觀情況發(fā)生重大變化，致使勞動合同無法履行，經(jīng)用人單位與勞動者協(xié)商，未能就變更勞動合同內(nèi)容達成協(xié)議的。