若未成年強奸事實不清，根據(jù)疑罪從無原則，不能認定被告人有罪，應作出證據(jù)不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。若在偵查階段，應撤銷案件；在審查起訴階段，應作出不起訴決定。

1. 遵循疑罪從無原則：疑罪從無是現(xiàn)代刑法“有利被告”思想的體現(xiàn)，是無罪推定原則的具體內(nèi)容之一。當對未成年強奸案件進行審判時，如果事實不清、證據(jù)不足，不能形成完整的證據(jù)鏈條證明未成年實施了強奸行為，法院應當按照疑罪從無原則，不能認定未成年有罪。這是保障人權(quán)、防止冤假錯案的重要司法原則。

2. 不同訴訟階段的處理：

偵查階段：如果在公安機關偵查過程中，發(fā)現(xiàn)未成年強奸案件事實不清、證據(jù)不足，應當撤銷案件。因為繼續(xù)偵查下去可能會浪費司法資源，同時也會給未成年犯罪嫌疑人及其家屬帶來不必要的困擾。例如，在一些案件中，僅有被害人的陳述，但沒有其他相關的物證、證人證言等證據(jù)相互印證，無法確定犯罪事實是否發(fā)生以及是否為該未成年所為，此時公安機關就會撤銷案件。

審查起訴階段：人民檢察院在審查案件時，對于經(jīng)過二次補充偵查仍然證據(jù)不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴決定。這是檢察機關對偵查活動的一種監(jiān)督和制約，確保只有證據(jù)充分的案件才能進入審判程序。對于未成年犯罪嫌疑人，如果證據(jù)不充分，檢察機關作出不起訴決定，有助于保護未成年人的合法權(quán)益，避免其受到不必要的刑事追訴。

審判階段：法院在審理案件時，根據(jù)《中華人民共和國刑事訴訟法》的規(guī)定，證據(jù)不足，不能認定被告人有罪的，應當作出證據(jù)不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。在審判過程中，法官會對控辯雙方提供的證據(jù)進行嚴格審查，如果發(fā)現(xiàn)證據(jù)存在疑點，無法排除合理懷疑，就不能認定未成年有罪。

3. 考慮未成年人的特殊情況：未成年人身心發(fā)育尚未成熟，在處理涉及未成年人的案件時，除了遵循一般的司法原則外，還需要考慮到未成年人的特殊情況。即使最終因事實不清不能認定有罪，也可以根據(jù)具體情況采取一些教育、矯治措施，幫助未成年人樹立正確的價值觀和行為準則。

《中華人民共和國刑事訴訟法》第一百七十七條第二款規(guī)定，對于犯罪情節(jié)輕微，依照刑法規(guī)定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。第一百七十八條規(guī)定，如果被不起訴人在押，應當立即釋放。第二百六十條規(guī)定，第一審人民法院判決被告人無罪、免除刑事處罰的，如果被告人在押，在宣判后應當立即釋放。第二百六十一條規(guī)定，最高人民法院判處和核準的死刑立即執(zhí)行的判決，應當由最高人民法院院長簽發(fā)執(zhí)行死刑的命令。被判處死刑緩期二年執(zhí)行的罪犯，在死刑緩期執(zhí)行期間，如果沒有故意犯罪，死刑緩期執(zhí)行期滿，應當予以減刑的，由執(zhí)行機關提出書面意見，報請高級人民法院裁定；如果故意犯罪，情節(jié)惡劣，查證屬實，應當執(zhí)行死刑的，由高級人民法院報請最高人民法院核準；對于故意犯罪未執(zhí)行死刑的，死刑緩期執(zhí)行的期間重新計算，并報最高人民法院備案。

《中華人民共和國刑法》第十七條規(guī)定，已滿十六周歲的人犯罪，應當負刑事責任。已滿十四周歲不滿十六周歲的人，犯故意殺人、故意傷害致人重傷或者死亡、強奸、搶劫、販賣毒品、放火、爆炸、投放危險物質(zhì)罪的，應當負刑事責任。已滿十二周歲不滿十四周歲的人，犯故意殺人、故意傷害罪，致人死亡或者以特別殘忍手段致人重傷造成嚴重殘疾，情節(jié)惡劣，經(jīng)最高人民檢察院核準追訴的，應當負刑事責任。對依照前三款規(guī)定追究刑事責任的不滿十八周歲的人，應當從輕或者減輕處罰。因不滿十六周歲不予刑事處罰的，責令其父母或者其他監(jiān)護人加以管教；在必要的時候，依法進行專門矯治教育。